La création de notre établissement remonte au milieu du XIXème siècle, et coïncide vraisemblablement avec la publication de la loi Falloux (1850). Ce sont les frères des Ecoles Chrétiennes qui fondent l'Ecole des garçons (Saint Joseph) dans le bâtiment qui abrite actuellement la cantine et les locaux administratifs. l'école des filles (Sainte Marie), quant à elle, se trouvait à l'origine au "couvent" dans un immeuble devenu par la suite le siège de la Nef Capbretonnaise. Elle est dirigée par les soeurs Augustines de Montrouge.

L'abbé Jean-Baptiste GABARRA, curé de Capbreton de 1875 à 1925, avait alerté l'opinion publique à l'aide des grands journaux parisiens de l'époque. Les dons affluèrent de toute la France et, le 15 mars 1883, l'abbé pouvait annoncer dans les colonnes du journal de L'Adour, la naissance de l'Ecole libre des filles de Capbreton. Les six religieuses restèrent toutes pour assurer la bonne marche de l'Ecole.

C'est à Mlle Véronique GARDEY, directrice jusqu'en 1939, que l'on doit la pérennité de l'Ecole Sainte-Marie et son transfert du couvent à son emplacement actuel en 1920 dans les classes bâties grâce à la générosité des Capbretonnais et au soutien des curés de l'époque.

En 1961, les deux écoles obtiennent le premier contrat simple avec l'Etat  le 21 juin. En conséquence le salaire des institutrices agréés est pris en charge par l'Etat.

A la rentrée de septembre 1978, suite à la réforme Haby, l'école Saint Joseph/Sainte Marie devient autonome.  c'est en 1984 que Mme PORTUGAIS prend la direction de l'école Ste Marie.

En 1984-1985, des bâtiments neufs (une maternelle, 4 classes) sont construits.

En 1990, un vaste projet de rénovation voit le jour (toitures, cuisine, réfectoire, locaux administratifs) avec l'aide de l'APEL et une équipe de bénévoles regroupés autour du Président de l'OGEC, M  LARTIGUE.

En 2003-2004, M Hardy, président de l'OGEC, et tous les membres, décident de rénover les sanitaires du groupe scolaire, de créer une salle de repos en maternelle et réhabiliter 4 classes (2 pour le primaire, 2 pour le collège).

En août 2004, Mme FREYSSARD succède à Mme PORTUGAIS à la direction de l'école relayée en août 2006 par Mme GILBERT. M ALLAIN succède à Mr HARDY à la présidence de l'OGEC et une nouvelle tranche de rénovation mobilière est menée (installation du chauffage central au gaz, extension de l'alarme à l'ensemble des locaux, réfection des plafonds et de deux classes primaires).

 Mr Darmaillacq, nouveau Président d'OGEC poursuit les travaux de rénovation (sols de quatre classes, porte d'entrée du côté administratif, escalier et sols). Réfection par l'APEL du réfectoire (mur et mobilier).

En août 2010, Mme DEBESSAT succède à Mme GILBERT à la direction de l'école. Pendant l'été 2011, des travaux de réfection des cours ont été menés. En juillet 2012, réfection des sols de deux classes, ainsi qu'en février 2014.

Pendant l'été 2014, agrandissement du réfectoire et des préaux de la cour du collège. Réfection des boiseries à l'école élémentaire. Fin des travaux aux vacances de la Toussaint. Installation d'une nouvelle structure dans la cour des maternelles.